По инициатива на Софийския зоопарк от 1998 година в сградата на Екологичния център през юни и през юли се провежда лятно зооучилище. През юни зооучилището е за деца от 7 до 10 години. Сформират се 4 групи с не повече от 20 участници. Всяка група има занимания в рамките на пет дена от 10.00 часа до 15.30 часа по специално разработена програма за екологично образование. През юли заниманията са за ученици от 11 до 14 години и са организирани по същия начин, както за по-малките деца, но дейностите са по-усложнени. Програмата на лятното зооучилище за двете възрастови групи е създадена от екипа на Центъра, като са използвани и разработките на подобни образователни центрове в зоопаркове от цял свят. Тази програма е уникална по съдържание и може да се прилага само в условията на Софийския зоопарк. Тя се основава на нестандартни и забавни методи за поднасяне на информацията и включва много игри, възможности за творческа изява, индивидуални и групови дейности. Неотменна част от програмата са контактът с животните и грижите за тях.